而杰克其实就是沈天星的化身。梨树文学网 ind（幻象大师）却在凤凰的脑中植入了幻觉，使她迷失自我。希阿皇帝德肯试图滥用宇宙大神器M'Kraan水晶，危及整个多元宇宙，X战警在皇妹利兰德拉求助下介入，废了德肯，让利兰德拉即位。凤凰在宇宙遇见海贼时发现他是爱人的父亲，但克里斯托弗愧对儿子，让她保密。
幻象大师终于把凤凰骗进俱乐部，同时将X战警一网打尽。斯科特奋力在精神空间与幻象大师搏斗，虽然落败，却使凤凰觉醒，但同时蜕变成“黑凤凰”，无法控制对能量的饥饿感，毁灭了希阿治下的一个星系。希阿要求处决凤凰，X战警被迫与其精锐战队“皇家卫士”在月球展开一场决斗。斯科特坚定地守在凤凰身边，但后者已经决定求死，用希阿的特殊武器把自己轰得灰飞烟灭。斯科特参加了凤凰的葬礼后，悲伤地离开了学校和队伍。
斯科特去了北方一条渔船上打工，与女船长LeeForrester一起经历了一些冒险，误入万磁王的要塞，得到X战警救援后，他决定归队，继续战斗。暴风女的领导能力已经体现出来，她与斯科特一起成为教授的左右手，并有后来居上之势。利兰德拉女皇的姐姐死亡鸟勾结宇宙邪恶种族Brood袭击了身在希阿的X战警，Brood在他们身上产卵，准备把他们变成后代的容器。斯科特身上的卵很快孵化，差点把他的人格吞噬，幸亏暴风女找到了治疗途径。此战期间，斯科特终于发现海贼就是自己的父亲，虽然对他十几年不回地球感到不满，他们一家人还是很庆幸得以重逢，并一起去阿拉斯加看望斯科特的祖父。在途中，他们搭乘一位女飞行员玛德琳·普莱尔（MadelynePryor）[1]驾驶的小型飞机，斯科特震惊地发现这个女人几乎与琴葛蕾长的一模一样。斯科特开始与玛德琳交往，得知她以前驾驶大型客机，但经历一次空难后，只有她一人生还，从此流落到小地方工作；而那次空难的日期正是凤凰在月球死亡的时刻，这使斯科特怀疑玛德琳是某种转世。带着这种情绪，他不可抑制地爱上了这个女人，向他坦白了秘密身份，最终结婚了。婚后他们在阿拉斯加定居下来，斯科特仍然长期参与X战警的行动，但随着玛德琳生下一个儿子（起名克里斯托弗，后又被称为内森，即电索），她开始对丈夫的忽视不满意，于是暴风设计让斯科特在一场决斗中认输，迫使他答应回家照顾妻儿。
这期间，一个红发少女雷切尔·萨默斯出现在学校。她自称来自某个未来，那里哨兵机器人统治了美国，变种人大部分被杀，包括自己的父母斯科特和琴。她掌握了凤凰力量，穿越到过去试图阻止这一切，然而她发现自己所到达的世界里，简早已死去，斯科特和另一个女人生了个儿子，顿时迷茫不已。但就在不久后，复仇者和神奇四侠在纽约附近海底发现一个大茧，里面赫然是琴葛蕾，根据她的回忆，在她驾驶航天飞机回地球途中，在濒死之际被一个名为凤凰的宇宙灵体所救，但后者复制了她的身份去人间生活，而把真的琴藏在海底数年。凤凰由于本能和人性的冲突而迷失了自我，最终毁灭了，而琴如今等于死而复生，她听说这里教授失踪，X战警接纳了万磁王，便不愿回去，于是英雄们为她联系了已退役的天使，后者赶忙联系了另外三个老队友，于是初始五人组再次会合。天使和他的老同学卡梅隆·霍吉策划了一个叫X-Factor（X因子）的工程，由他们这些人继续实现教授的理想，对外宣传自己是捕捉危险变种人的赏金猎人，实际目的是把这些变种人保护起来训练。
斯科特陷入旧爱新欢的两难之中，他向两个女人隐瞒了对方的存在，怀着内疚长期逗留在纽约，另外三个老同学勉强帮他圆谎；琴察觉到斯科特心中似乎还有别人，一开始以为他还忘不了那个热情的凤凰，但最后她终于发现了实情，两人大吵一场。斯科特终于赶回北方，却发现玛德琳母子已经失踪，他们存在的痕迹都奇异地消失了。这时南方发生了许多大事，迫使他回队：曼哈顿下水道里的几千流亡变种人遭到屠杀，天使救人时翅膀被打残，医生切掉了翅膀，陷入绝望的天使选择了自杀；霍吉露出了反变种人的真面目，带领武装组织TheRight（正义党）袭击了X因子等队伍；老魔天启把未死透的天使改造成金属翅膀的死亡使徒，和其他三名使徒在纽约造成大破坏；X因子经过激战打退天启，唤醒了天使的本性（从此改名天使长）。此战使他们的身份暴露在公众面前，但人们对他们的英雄之举表达了赞誉，有力地挽回了变种人的形象。
就在庆祝之际，X因子看到新闻：暴风女带队的九名X战警在达拉斯对抗异次元强敌，全部阵亡，其中包括玛德琳和亚历克斯。玛德琳通过电视转播告诉不知在何处的丈夫，儿子还活在某个地方，请务必去找他。
斯科特急躁地四处打探儿子的下落，但仍然没有结果。他不知道的是，死去的X战警很快就复活了，但他们隐瞒了世人，在暗中秘密活动。玛德琳对丈夫的恨意终于爆发出来，她先与亚历克斯发生了暧昧关系，又接受了两个地狱魔鬼的邀请，在自身超能力觉醒后成为了他们的妖精女王-红皇后，引导魔鬼大军进入纽约肆虐。玛德琳找回了自己的孩子，却打算把他作为祭品杀死。X战警和X因子重会，一起反抗魔军；琴和玛德琳终于面对面地交手，最后玛德琳自取灭亡，她的儿子被简保护起来。
在学校，斯科特一行遇到了惊恶先生，他承认了自己是一直以来操纵斯科特人生的幕后推手：惊恶先生自获得超能力之后就试图干掉压制着他的天启，因而这一个世纪以来他一直在收集和分析变种人的基因；根据他的推断，斯科特和琴的基因结合能够产生压倒天启的强大个体，于是他在斯科特居住于孤儿院时就开始干预，直到他与琴相爱，他都在暗中观察，然而由于凤凰事件，琴看上去死了，惊恶先生就用预备好的DNA克隆了她，为其伪造了玛德琳·普莱欧的身份，终于让她和斯科特生下孩子；如今，他的目标就是夺走这个有潜力的婴儿。斯科特等人愤怒地攻击惊恶先生，看似打败了他。
斯科特对琴的求婚遭到了婉拒，他们仍然以朋友关系共事。奴役变种人的国家基诺沙与霍吉结盟，对学校发动了突袭，造成数人死伤，亚历克斯也被洗脑，攻击了同伴，但他及时醒悟，配合斯科特演了一场戏，攻破了基诺沙，推翻了ZF。不久之后，天启把目标对准了电索（cable），他设法将一种使有机体变成机械的病毒注入小孩体内，使斯科特眼睁睁地看着儿子走向死亡。这时，一个神秘女人出现，自称Askani（意思是“局外人”），来自二千年后的未来，有条件治疗这种病毒，但将不能把孩子送回来。斯科特权衡之后，把儿子交给她带往未来，相信以后再也不能父子相见了。
长期离开的X教授回归后，X战警重组了，X因子的成员都回到老队伍，人数骤增，于是他们分成了由斯科特和暴风分头领导的“蓝队”和“金队”，而亚历克斯和另一批变种人组成了新的X因子，成为接受ZF委派的特别行动队。
一个沧桑的雇佣兵电索（Cable）出现在大家面前，他似乎是个有精神力量的变种人，但身体已经被改造成了半机械。他虽然不像万磁王一样极端，但同样认为人类与变种人之间的战争不可避免，当务之急是用战士的标准训练年轻变种人。怀着这种理想，他把教授和斯科特的一批年轻学生带进了善战的X-Force（X特攻队），以更强硬的手段应对威胁。X战警难以确定电索是敌是友，但他的宿敌Stryfe（意为争斗）却行刺了X教授，又绑架了斯科特琴和天启，拼命折磨他们，理由是自己的一生都被他们所害。斯科特思考着Stryfe的身份，随即产生了一个可怕的推测；当Stryfe与电索搏斗时，其余人发现他们的外表几乎一样，只是前者的身体没有机械成分。最后两人一起坠入时空流中消失，斯科特已经确信其中一人必是自己的儿子，但已无从了解。
不过随着电索的回归，真相开始显露：Askani不是一个人，而是一个团体，她们所在的未来被天启统治。婴儿被带来后，她们为他准备了一个克隆身体，但遭到天启军队的袭击，克隆被抢，天启试图把他培养成自己的下一个寄宿身体，便用各种手段训练他直到成人，就是Stryfe；而真正的那个孩子勉强适应了病毒，成长为反抗天启的斗士，用着新名字NathanDayspring，代号电索。最终天启保持年轻的企图失败，丧失了性命和权力，但和平并未降临，名为“迦南会”的组织和其他势力继续为夺权而激战，Stryfe也独霸一方，害死了电索的妻子，教唆他的养子堕落。电索穿越到了过去试图阻止天启崛起，但没成功，反而加速了他的苏醒，而Stryfe也追踪而来，从而引发了之前的事件。斯科特面对比自己还老的儿子，花了一番功夫适应。父子达成了谅解，并促进了他们的队伍的合作。随着Stryfe带来的一种病毒“Legacy”扩散，反变种人的议员克里德遇刺，人类对变种人的敌视越来越强，这时琴终于同意与斯科特结婚，结束了朋友和读者漫长的等待。学校里举行了盛大的婚礼，几支变种人队伍的成员纷纷出席（只有金刚狼声称不来，却暗中躲在远处守望）。雷切尔·萨默斯满足地看着父母终成眷属，自己随后为了救出迷失在时空乱流中的战友英国队长而代替他消失在异界，使凤凰之力再次离开了地球616宇宙。
新婚夫妻去了一个小岛度蜜月，在海边突然昏倒，醒来后发现自己的意识在陌生的身体里，周围是陌生的世界，不久他们遇到了Askani族，她们的圣母赫然是已经垂垂老矣的雷切尔，她自述穿越到了这个未来，引导一批精神异能者组成Askani族反抗天启，不久前她们把婴儿电索带来，雷切尔决心耗尽自己最后的力量把斯科特和简的元神带到未来训练他们的孩子。就这样，两人在这里待了十几年，把具有精神力的孩子培养成才，但没告诉他自己的真实身份。临别时，斯科特对儿子说：有朝一日你会成为一条联结过去与未来的电索。回到20世纪后，夫妻俩发现距他们昏倒只过去了五分钟。
之后二人听说学校遭到机械病毒变异生命体Phalanx的攻击，急忙赶回，与金刚狼汇合攻击敌方老巢；不久，X教授的儿子穿越到过去刺杀万磁王，却误杀了年轻的教授，导致历史改变，天启在十几年中征服了北美，万磁王组织X战警反抗他。这个世界的斯科特是天启四使徒之一惊恶先生手下大将，但暗中在帮助奴隶逃亡；简是万磁王的学生，但被特工X武器（金刚狼）带走；凶兆先生和正史一样，决心用斯科特和简的基因制造出超越天启的变种人，在两人并没见过面时，惊恶先生就成功制造了一个试管婴儿内特·格雷（X-Man），他具有惊人的精神力量，但后来在反抗者的引导下站在了X战警一边；万磁王在最后决战中打倒了天启，琴耗尽力量阻止了欧洲发射的，和斯科特一起遭到了心存嫉妒的亚历克斯攻击；在这瞬间，历史被其他英雄修正，天启时代成为平行世界，不过内特·格雷却穿越到了正史世界，并得知自己与电索是平行世界对应个体。
在正史世界，斯科特和琴又一次被一个Askani族的女人带到了19世纪中期的伦敦，被要求阻止天启在这个时代的行动，在这里他们见证了惊恶先生的诞生，也遇到了萨默斯家的祖先；不久，X教授受万磁王的恶念影响而分裂出一个恶魔般的强大精神体Onslaught，差点毁灭世界，神奇四侠和复仇者的大部分英雄与Onslaught同归于尽。教授一度被ZF收押，负责处理变种人威胁的神秘男子棱堡发起了“零容忍行动”，把普通人改造成机器哨兵追捕变种人，X战警几乎覆没；斯科特的心脏部位被植入定时炸弹，金刚狼等合力通过危险的手术治好了他。此后斯科特和琴去了阿拉斯加修养，这时斯科特发现原本厌恶凤凰的妻子突然换上了凤凰的称号和装束，感到困惑。
两人过了一段尚算平静的生活，但是再次出现的天启把金刚狼改造成了使徒，和外星人斯克鲁尔族联手策划阴谋，迫使他们回到X战警。天启的目的是把十二个具有特殊能量特性的变种人集中起来，包括斯科特一家三口教授和万磁王等，他们的不同能量能够通过特定的方式由天启吸收，然后他再占据内特·格雷的身体，成为终极的存在。在关键时刻，斯科特与天启搏斗起来，使两人融合成了一个。天启占据了主导，最后带着计划失败的遗憾逃跑了，教授已经感觉不到斯科特的思维，判断他已经死亡，所有人中只有简不相信。
数月后，看似斯科特的人出现在中东，琴和电索经过一番周折把他与天启分离。斯科特在合体期间切实体会了天启的邪恶，虽然恢复，但精神状态有所异化，与妻子之间出现了交流困难。教授的孪生生命体卡桑德拉·诺瓦在基诺沙大肆屠杀变种人，占据教授的身体把学校的秘密公诸于世，于是教授开始公开招收变种人学生。已经与X战警合作多时的前白皇后爱玛·弗洛斯特和斯科特夫妻一起主持校务，她和斯科特接触密切，并在心理治疗时与他在精神空间发生了暧昧。简得到学生的告密揭破了他们，闹得天翻地覆。来自中国的变种人教师Xorn出于人格分裂，自称万磁王，在纽约大开杀戒，并杀死了简。斯科特再一次埋葬了妻子，灰心地离开了学校。
150年后，已经与凤凰之力融合的琴复活，发现世界已经濒临毁灭，而当年斯科特的离去导致学校关闭是关键因素。凤凰直接修改了历史，使斯科特与爱玛同心携手，一起把学校和队伍办下去。X教授去了基诺沙，与真正的万磁王一起重建；泽维尔学校第二期公开班开始招生，斯科特和爱玛共同担任校长，他们和另外四位主要教师各负责督导一支六人学生小队。斯科特以父亲的称号为小队命名Corsairs（海盗团），爱玛则沿用了自己当初教导的第一支队伍Hellions（地狱狮）；除了教导自己擅长的战斗技术，他们还各自教导领导学和语文课。学校的生活并不平静，尤其许多队友对于爱玛都心存排斥，不久前回到地球616的雷切尔更是愤慨。斯科特坚持信任爱玛，事实证明他是正确的。为了改善变种人的社会形象，斯科特决定改变此前低调的作风，带领驻扎学校的X战警积极参与外部的救灾反犯罪行动，以让世人留下深刻印象。这支队伍包括爱玛金刚狼野兽凯蒂·普莱德。不久他们找回了几年前假死的钢力士，但一个名叫Breakworld（破坏星）的星球的人宣称他是预言中会毁灭此星的敌人，由此引发了X战警与破坏星的冲突。
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