进入阶级社会以后，宗.教得以存在和发展的最深刻的社会根源，就在于人们受这种社会的盲目的异己力量支配而无法摆脱，在于劳动者对剥削制度所造成的巨大苦难的恐惧和绝望，在于剥削阶级需要利用宗.教作为麻醉和控制群众的重要精神手段。随着阶级的形成，国家和王权的产生，宗.教也不断发生演变。从原始的多神教演变为一神教；从‘自发宗.教‘发展为‘人为宗.教‘；从部落宗.教发展为民族宗.教或国家宗.教。由于阶级的出现，形成了阶级和阶级压迫，宗.教也赋予了阶级的内容，自然宗.教也逐渐演变为奴隶主阶级利益服务的宗.教，它神化王权和剥削制度，成为统治阶级的精神武器。由于社会生产力的发展，物质财富和剩余产品也随之日益增多，社会上开始有了私有财产，富有的人家开始蓄养奴隶，剥削奴隶的劳动，使奴隶为他们生产更多的剩余产品，这就开始分化为奴隶和奴隶主两个对立的阶级，而奴隶主阶级利用手中掌握的国家政.权，镇压奴隶的反抗。在奴隶制社会中，广大劳动人民除受自然力量的压迫外，又增加了社会力量的压迫。奴隶们为了摆脱这种阶级压迫，在历史上曾不断出现奴隶暴动。这种奴隶暴动的结果，最多也只是摆脱旧的枷锁而又带上新的枷锁。因此，人们对社会力量的压迫同对自然力量的压迫一样，感到难以理解和捉摸，就把希望寄托在宗.教信仰上，祈求‘来世‘的幸福或者死后灵魂升入‘天国‘或‘极乐世界‘。随着奴隶制社会的演变，许多弱小的古老民族被征服或同化，走向灭亡而不复存在。一些民族宗.教吸收其它宗.教的某些教义，从而发展成一种新的宗.教。有些宗.教则随着世界性帝国的建立及其对外扩张而发展成世界宗.教。这是人类历史出现帝国后宗.教发展到最完备的形态，是世界各个国家和地区之间政治、经济、文化交往日趋频繁在思想领域中的反映。它所信奉的神不再是某一民族特有的保护神，而被认为是宇宙的最高主宰；它的信仰者不只限于某一民族的人，许多不同民族的人可以信奉同一宗.教；它具有系统而完整的教义。有较严密的教会组织和受过系统神学教育的教职人员。由于统治阶级的提倡和扶植，世界宗.教得到长足发展，并成为某些国家的国教，至今极大地影响这些国家的政治、经济和文化。
宗.教是在人类认识世界的漫长过程中，随着人类思维能力逐步提高而产生的。宗.教的产生和发展，说明人类从最初不能抽象地思考比较复杂的问题发展到能够抽象地思考比较复杂的问题，这标志着人类的思维能力提高到了一定水平。从某种意义上讲，是否具备宗.教观念，几乎是非人与现代意义上的有抽象思维能力的人之间的一种界线。
随着人类社会生产力的不断发展，随着自然科学和社会科学的不断发展。人们逐渐认识了天体构造和运动的规律、地球起源和形成的规律、人类社会发展的规律等等。这就为近代自然科学和社会科学的建立和发展创造了条件。但是宗.教的消亡要晚于阶级消灭和民族融合。不是一朝一夕能出现的。因此，必须充分认识宗.教存在的必然性、现实性和长期性，在此基础上确立我们的立场和观点。
美国的宗.教政策，一向被当作西方处理宗.教冲突问题的典范。十六十七世纪。很多欧洲的新教徒无法忍受欧洲大陆的宗.教迫害，远渡重洋来到美洲大陆，为的就是追求宗.教自由与和平。
但是，这些饱受宗.教迫害之苦的人们所理解的宗.教自由，似乎只是他们自己的教派的自由，而不是普遍的宗.教自由。虽然他们痛恨别的教派的宗.教迫害，但一旦自己获得了自由，在镇压异端时一点也不手软。
就在五月花号上的清教徒在新英格兰定居下来七十多年后，在马萨诸塞的一个小镇撒兰姆。发生了北美殖民地历史上著名的女巫案。1692年，撒兰姆的一个女孩突生怪病，当地的医生断定是有人施了巫术。这一诊断引起了全城的巫术恐慌，人们开始在整个撒兰姆搜捕女巫，结果绞死了十九个被怀疑是巫师的人。还用石头砸死了一个男人。直到事情牵连到了波士顿的市长夫人，人们才感到这里有什么不对，女巫案才告平息。撒兰姆，至今还是美国最有名的鬼城;撒兰姆女巫案，成为美国清教徒历史上很不光彩的一页，以至于后来出生在撒兰姆的作家霍桑都耻于和参与了女巫案的祖父同一姓氏。而在霍桑所写的《红字》中，我们更可以直接了解到，美国的新教那时候并不理解什么是宽容。
撒兰姆女巫案所体现的这种疯狂和歇斯底里，说明清教徒虽然自己追求宗.教自由和宽容，但当他们施行起宗.教迫害来，却丝毫不亚于他们的欧洲前辈。因此，美国解决宗.教冲突问题，绝对不是因为清教徒的精神气质里一开始就包含着宽容和自由的成分。无论是英国清教，还是新教的其他教派，虽然可能催生了资本主义精神(普利茅斯和撒兰姆都迅速繁荣起来，撒兰姆甚至很早就开始了和华国的海上贸易)，但是其中绝不会直接包含了宗.教自由的种子。
新教不仅没有和宗.教自由直接相连，而且恰恰是新教的各个派别，使欧洲的宗.教迫害变得尤其激烈和残酷。宗.教之间的冲突，从古以来就是一个世界性的问题，解决宗.教冲突的政治和文化努力，也从来没有中断过。不过，宗.教冲突真正成为一个激烈而迫切、不得不解决的政治问题，无论从宗.教上，还是从政治上，都是近代以来新教兴起以后的现象。
就拿英国来说，本来是为了反抗罗马教廷的势力，英国新教才逐渐兴起，并得到了国王的扶持。但是。从新教兴起之后，支持上帝派和新教的国王轮流登基，都会迫害与自己不同的教派。而英国的新教之内又分成了不同的教派，教派之间又彼此迫害。结果，本来是为了争取自由的新教，反而带来了更多的宗.教迫害。一位英国绅士在信中慨叹，也许那些被迫害的上帝派徒说得对：“出于纯粹宗.教原因的迫害，是新教的第一原则，新教正是在这一原则之上，奠定了它在英国的政治基石。”
新教的倡导者路德和兹温格利一开始极为反感罗马教廷的宗.教迫害。大力提倡“良心的信仰”。主张因信称义。但是。他们的教派后来也和国家政.权结合起来，在实践中就放弃了宗.教自由的主张。很多路德宗和兹温格利宗的国家，极力迫害他们认为的宗.教异端。比如再洗派(anabaptism)就遭到了极为血腥的迫害。历史学家们甚至一般认为，欧洲16世纪对再洗派的迫害。已经超过了当初罗马帝国对早期教廷的迫害。这些迫害，正是直接导致很多再洗派教徒逃亡美洲的原因。
当这些教徒来到美洲后，他们对欧洲的宗.教迫害当然仍心有余悸。不过，很多殖民者最初想要做的，并不是建立一个容忍多元宗.教的国家，而是希望建立一个只有自己所属的宗派的官方教会，在这里不再有欧洲那样的宗.教分歧和宗.教斗争。于是，他们热心地在新大陆传播宗.教。比如，1606年。弗吉尼亚的殖民地上就建立了圣公会，成为弗吉尼亚的官方教会。他们要求人们每天要来教堂两次，压制所有不同的教派，凡是有公职的人，都必须向教会宣誓。殖民地政府还用税收来支持教堂。不遗余力地惩罚破坏安息日、渎神、不信三位一体或上帝的教导的罪行，甚至用死刑来判处最后一项。同样，来到新英格兰的清教徒坚信，他们的宗.教是唯一正确和完美的宗.教。他们要在新世界创造一个崭新的统一教会。于是，他们同样用税收来支持教会，命令人们必须前往教堂，只有教徒才有投票权，所有的异端都被赶出殖民地。马萨诸塞湾的殖民地政府在他们的法律条文中宣布：“上帝不会允许任何国家主动宽容任何假宗.教。”像弗吉尼亚和新英格兰各州的这种官方统一教会，一直持续到独立战争时期，甚至19世纪才告终结。
从欧洲的情况可以看到，当时宗.教迫害与宗.教冲突的根源，在于政教结合。各个宗.教之间的教义分歧本来是很正常的事情。如果各教派之间和平共处，在理论上相互竞争，本来不会造成血腥的迫害。但是，一旦某个教会得到国家的支持，甚至被尊为国教，它就可以用政治力量来维护自己的独尊地位，迫害别的宗.教教派。美洲早期殖民者因为坚信自己的宗.教是唯一正确的，他们的指导思想，是通过在新大陆上建立绝对统一的教会，来避免宗.教冲突。究其根本，这和罗马上帝派、英国圣公会等欧洲教会的做法没有根本的不同。并且，虽然美洲最开始是一个未经开垦的宗.教处女地，但因为各种原因受迫害的教徒都会来到这里，在这里建立统一教会的可能性比在欧洲还要小。当然，在各殖民地之间没有联系的时候，在弗吉尼亚这样较小的地域之内建立官方宗.教，还不是完全没有可能的事情。但这样的宗.教理想，与后来联邦党人建立统一的美利坚合众国的愿望，无疑是相冲突的。无论是从各教派之间平衡力量来考虑，还是从建立统一联邦对抗英帝国来考虑，实现各教派之间的宽容和自由，已经成为统一的美国非常必要，且唯一可能的宗.教政策。
不过，正如赖特指出的，当时所谓的宗.教自由，并没有面向所有的宗.教。虽然宗.教自由的法律有效地取消了各地的官方教会，但是，宗.教自由只是教廷各宗派之间的自由，甚至主要是新教各派之间的自由。即使在罗得岛，虽然犹太人和上帝派徒可以居住和实践自己的宗.教仪式，但他们没有选举权，也不得占据公职。宾夕法尼亚1790年制定的宪法不再要求只有教堂徒才能享有公职，但是，他们却仍然要求。公职人员必须信仰上帝，信仰未来的奖赏和审判。宾州的规定比罗得岛的开放一些，原则上允许犹太人和上帝派徒占据公职，但是不信仰犹太教廷系统的宗.教的人却没有这一权利。最极端的例子是马里兰，公职人员要向上帝宣誓的要求直到1961年，才被最高法院认为违宪而撤销。
如果把美国的宗.教自由完全归结为各教派之间的力量制衡，当然有失公允。美利坚究竟如何从一个新教民族变成一个信仰自由的合众国，以及这种自由背后为什么有着那么强烈的新教色彩，这里还有更多理论上的原因。
人们都记得《独立宣言》里那段著名的话：“我们认为这些真理是自明的：人人生而平等，他们从他们的造物主那里被赋予了某些不可转让的权利。其中包括生命、自由和追求幸福的权利。——为了保障这些权利。才在人们之间成立了政府。政府的正当权力来自于被统治者的同意。”北美十三块殖民地之所以要脱离大英帝国。其根本原因就在“他们的造物主”那里。而这十三个殖民地之所以充满信心地支持这份宣言，其动力也在上帝那里：“为了支持这个宣言，并对神意的庇护充满了信心，我们谨以我们的生命、我们的财产和我们神圣的荣誉相互保证。”在这份美国政治史上第一重要的文献里。上帝的神意被当做独立和立国的最终依据。
按照贝克尔的说法，杰佛逊的初稿并不是这样的，而是：“我们认为这些真理是神圣而不可否认的：人人生而平等独立，从这一平等的出身，他们就得到了与生俱来而不可转让的权利，其中包括生命的保全、自由和追求幸福的权利……”但经过斟酌之后，他加上了“他们从他们的造物主那里被赋予了某些”的字样。亚当斯则把“神圣而不可否认的”改为“自明的”。
同样，结尾的那段话里，本来也没有“并对神意的庇护充满了信心”。这句话是大陆会议要求加上去的。
这份非常简短但又至关重要的文献，当然是经过了严格的字斟句酌之后形成的。杰佛逊不能满足于“与生俱来”的说法，而一定要强调，这与生俱来的权利，乃是造物主所赋予的。这样才能强调其神圣的本质。在加上这个修饰语后，亚当斯认为，“神圣”一词也就可以删去了。此外，大陆会议还要在结尾强调，他们之所以能够以生命、财产和神圣的荣誉保障，是因为他们对神意的庇护充满信心。
正如贝克尔指出的，《独立宣言》是理论依据，是十七十八世纪早已非常流行的自然权利学说。而美国国父们的直接理论来源，正是约翰?洛克修正过的自然权利和社会契约论。
在《政府论(下)》里，洛克明确指出，自然状态里的人是完全自由和平等的，自我保存是上帝赋予每个人的不可转让的权利。英国政治哲学中的自然法学说，直接来自托马斯?阿奎那以来的自然法理论。而按照阿奎那的说法，自然法是上帝的意志在自然中的体现。自然法之所以是不言自明的，正是因为它最终来自上帝。霍布斯和洛克的自然法学说虽然和中世纪的这一学说非常不同，但其基本构架并没有改变。霍布斯在《利维坦》里，和洛克在《政府论(下)》里的推理逻辑都是，自然法之所以重要，是因为它来自神法。这正是美国国父们起草《独立宣言》时的立论基础：这些权利之所以是不可转让和不言自明的，是因为它们是造物主所赋予的。
也正是基于这一自然权利学说，洛克大量地谈到了宗.教宽容的问题。他写于1690年的一封信，也就是人们熟知的《论宗.教宽容：致友人的一封信》，是政治哲学史上的经典文献，也是讨论宗.教宽容问题最重要的文献之一。
这封信的写作背景，正是上述英国绅士所谈到的，上帝派和新教，以及新教各教派之间的一片混战。而洛克为这一混乱状态开出的药方，则是“因信称义”的新教神学与社会契约论的政治哲学的一种结合。
首先，洛克强调，对上帝的信仰和拯救是人们内心里的事情。不可能通过政治的强制手段来达成。这种灵魂之事的标志在于每个人发自内心的虔诚和德性，需要在和自己的*与欠缺的斗争中形成。任何一个不关心自己的拯救的人，怎么可能关心别人的拯救?那些靠暴力手段强迫别人信仰的人，并不是出于对别人的爱或友谊，而是出于权力欲，这是一种非常不符合教廷精神的世俗*。只有异教徒才会用武力来强迫别人信某种宗.教，教堂徒必须靠理性来让人向善。
我们前面已经看到，新教各宗派不仅没有减弱宗.教迫害，甚至还大大加强了宗.教迫害。为什么同样是从新教教义出发的洛克，会得出和这些新教徒完全相反的结论呢?果真像洛克说的那样。这些新教徒根本就没有理解新教的真正含义吗?
其实。洛克对信仰和拯救的理解。和那些迫害异教徒的新教徒并没有根本的不同。洛克同样认为，只有教廷信仰才是唯一正确的宗.教信仰，只有新教所提倡的“因信称义”才是真正恰当的宗.教态度;在宗派林立的新教中，他也相信存在着真假正误的区别。但是。洛克和那些宗.教迫害者根本不同的一点在于，他认为，真正的教堂徒，不应该以友爱的名义，强迫别人像自己一样信仰，而是要在理性上战胜或劝化别的教派。
如果说那些迫害别人的新教徒都只是出于权力欲，宗.教只是他们争权夺利的借口，这一定是过于简单的*。大多数真诚的新教徒本来就是出于虔诚的信仰，才坚定地认为自己的宗.教是唯一正确的;而他们之所以要强迫别人改宗。也是真诚地出于坚定的信仰，想帮助别人获得救赎。否则，我们就无法理解，为什么那些在欧洲倍遭歧视的教徒，到了美洲还要建立唯我独尊的官方教会。洛克同样认为。教廷的信仰才是真正的信仰，而且在千差万别的教派当中，一定有对的也有错的;教派纷争的局面，并不利于纯正的教廷的发展。不过，他认为，任何教派都不能因为这一点，就用政治手段强迫别人改宗，上帝并没有赋予任何人这样的权利，而且任何人都不能武断地认为，自己的信仰就比别人的更正确。最后的审判权在上帝那里。他的一个重要理由是，既然那些异端在末日审判时会遭到上帝的惩罚，此时的人们又何必越俎代庖，做这种费力不讨好的事情呢?
洛克把“因信称义”的神学理论推到了极端。但是，我们前面看到，就连路德宗和兹温格利宗都没能坚持政教分离的立场，而是陷入了宗.教迫害的陷阱中。那么，洛克和美国的洛克主义者为什么能如此坚决地贯彻宗.教宽容的主张呢?这还来自他的另一套思想资源：社会契约论。
洛克认为自然状态中的人拥有上帝赋予的自然权利，但是自然状态必然会演变为战争状态。为了避免战争状态，同时又维护上帝赋予的这些权利，人们需要结合成政府，并通过社会契约，把某些权利转让给政府。但是，那些来自上帝的基本权利是不能转让给政府的;政府不仅无权，而且没有能力干预这些权利，而只能从外部保护。在洛克看来，宗.教信仰，当然是上帝给人的最重要的权利之一。那么，只有上帝有权干涉人的信仰问题，而政府是不能插手的。因此，“我认为下述这点是高于一切的，即必须严格区分公民政府的事务与宗.教事务，并正确规定二者之间的界限。……在我看来，国家是由人们组成的一个社会，人们组成这个社会是为了谋求、维护和增进公民们自己的利益。所谓公民利益，我指的是生命、自由、健康和疾病以及对诸如金钱、土地、房屋、家具等外在物的占有权。”政治根本不能也不应该插手灵魂拯救的问题，因为，第一，“谁也没有责成官长比他人更多地来掌管灵魂的事。我可以用上帝的名义说，并未授予他这种权力。”第二，“掌管灵魂的事不可能属于民事官长，因为他的权力仅限于外部力量，而纯真的和救世的宗.教则存在于心灵内部的信仰，舍此没有任何东西能够为上帝所接受。”第三，“灵魂拯救的事不可能属于官长掌管。因为即令法律和刑罚的威力能够说服和改变人的思想，却全然无助于拯救灵魂。”
宗.教改革虽然从神学上规定了因信称义的基本立场，但是传教与发展的实践使虔诚的教徒不断滑入宗.教迫害的泥潭之中。宗.教迫害所带来的血腥争斗，并不能消除宗.教纷争。鉴于这一情况，社会契约论者洛克清醒地看到，要在根本上消灭宗.教纷争，不能靠一派吃掉另一派的方法，而必须使宗.教与政治从根本上分离开来。放弃了宗.教权力的政治可以走上最现实和最理性的实践道路，放弃了政治权力的宗.教，可以使灵魂的事回归到灵魂本身。而不必再借助于不属于灵魂的政治武器。
洛克结合了因信称义的神学和社会契约的政治理论。提出以政教分离来解决宗.教问题的主张。成为第一个提倡宗.教宽容的政治哲学家。美国这个有着深厚的新教传统，而又主动把自己的立国原则奠基于自然权利和社会契约论治上的国家，所提倡的宗.教宽容，当然有着浓重的洛克色彩。
美国国父们并不是一开始就一致主张宗.教自由的。美国宪法第一修正案中的宗.教自由条款。也是在经过了各方反复的磨合与论辩之后，才最终形成的。
在宗.教问题上最保守的，当属乔治?华盛顿和约翰?亚当斯。他们认为，官方宗.教制度会成为新生的合众国的道德基础，于是在很多公众场合诉诸教廷教义。华盛顿甚至明确要求，美国.军队要向上帝发誓。虽然他们也不乏反对宗.教迫害的言论，但他们还是要依靠宗.教制度来维护社会稳定。
不过，国父中的大多数人认同宗.教自由。虽然他们可能出于相当不同的原因，但其基本观念。都秉承了从洛克到《独立宣言》中所强调的天赋人.权说，即，上帝赋予了人们不可转让的自然权利，其中包括宗.教信仰的权利。更加强调民主制度的，担心官方宗.教会破坏民主政治;更加强调宗.教自由的。担心政治的干涉会破坏人们的宗.教信仰。因此，他们大多同意，政教必须分离，宗.教自由必须得到保护。
在宗.教自由问题上的第一步实质举措，应该是弗吉尼亚州对宗.教自由问题的开创性规定。我们前面已经看到，弗吉尼亚1606年建立的圣公会，是北美殖民地中的第一个官方教会。针对弗吉尼亚的这一问题，梅森、麦迪逊、杰佛逊都先后尝试提出保障宗.教自由的法律形式。
1776年，梅森起草了《弗吉尼亚权利宣言》，这一天才的文件在很多方面都成为后来《独立宣言》的蓝本。而其中第十六条对宗.教自由的表述，更是美国宗.教自由的最初法律形式。在梅森的草稿中，这一条是这样写的：“宗.教，或者说我们对我们的造物主所负的责任，以及传播它的形式，只能靠理性和说服来指导，而不能靠强制或暴力;因此，在宗.教活动中，任何人都应按照良心的指挥，享有最充分的宽容，不能受官长的惩罚和限制，除非有人在宗.教的幌子下破坏社会的和平、幸福和安全。这是所有人相互实践教堂徒的忍耐、爱和仁慈的责任。”这一文件获得了广泛的认可。但是，麦迪逊却认为，梅森所沿用的洛克的“宽容”一词不妥。因为这个词暗示，某些人或某个机构有宗.教上的特权，他们居高临下地宽容那些不属于这一机构或教派的人。因此，这个词就没有把宗.教自由当作自然权利的一部分，无法使所有公民享有充分的平等和自由。于是，麦迪逊把这一条修改为：“宗.教，或者说我们对我们的造物主所负的责任，以及传播它的形式，只能靠理性和说服来指导，不能靠强制或暴力;所有人都有权根据良心的指挥，充分而自由地进行宗.教活动;没有人或人群应该因为宗.教而得到某些薪俸或特权……”
麦迪逊的这一稿不仅改掉了梅森稿中的“宽容”一词，而且其矛头直指弗吉尼亚的官方教会圣公会，遭到了很多弗吉尼亚人的反对。于是，麦迪逊只好退一步。删去了关于宗.教特权的句子。但这一文件的最终形式还是保留了他针对梅森作的修改：“宗.教，或者说我们对我们的造物主所负的责任，以及传播它的形式，只能靠理性和说服来指导，不能靠强制或暴力;所有人都有权根据良心的指挥，充分而自由地进行宗.教活动;这是所有人相互实践教堂徒的忍耐、爱和仁慈的责任。”
在很多方面参考了《弗吉尼亚权利宣言》的杰佛逊并没有把宗.教内容写进《独立宣言》。但是，1779年，他在弗吉尼亚议会上提出了著名的建立宗.教自由的法案，把宗.教自由问题进一步推进到具体的立法之中。
杰佛逊首先提出主张宗.教自由的原因：“首先，人们的意见和信仰并非来自自己的意志。而是来自其心灵所能接受的外界迹象。”这一条在后来通过的议会文件中删去了。但这一带有明显的洛克痕迹的哲学主张。表明了杰佛逊思想的复杂性，即，他并不是无原则地主张自由意志，而是把心灵对外部事物的被动接受与自由意志相结合。而这一切的根源。都在上帝那里。于是，他紧接着讲出了第二个原因：“全能的上帝创造了自由的心灵，并让心灵保持自由，不受任何约束的限制，以此证明他的无上意志。”因为上帝赋予了自由的心灵，所以，“一切用世俗的惩罚、负担、剥夺公民资格来影响心灵的企图，只会养成虚伪和卑鄙的恶习，是违反我们的宗.教的神圣创造者的意图的。宗.教的神圣创造者作为身体和心灵的主宰。不喜欢使用压迫两者中任何一种的手段来传播宗.教，尽管无所不能的他完全有能力这样做。”基于上述原因，杰佛逊认为，那些把信仰强加给别人，认为自己的意见和思维方式是唯一正确的标准的立法者和统治者。不论世俗的还是教会的，其实都是不虔诚的，他们所建立的都是伪宗.教。而这样的立法者和统治者却遍及世界的各个部分，也存在于历史上的多数时期。强迫人们向自己不信的教会交纳钱财，就是有罪的和僭政式的;强迫人们支持某种宗.教教条，也是剥夺其固有的宗.教自由。无疑，杰佛逊这里明确批评了弗吉尼亚的圣公会及其宣教和征税办法。
除去关于信仰自由这种自然权利的主张外，杰佛逊和洛克一样，诉诸政教分离的观念，并批评弗吉尼亚对公职人员的宗.教信仰的要求。他说：“我们的公民权利不依靠我们的宗.教见解，就像不依靠我们的物理学或几何学见解一样;因此，一个公民除非表明信仰或不信仰这种或那种宗.教，否则就被剥夺公民权，宣称他不知的公众信任，没有资格担任有报酬的公职，这种做法等于是剥夺他和他的公民同胞一样因自然权利而具有的特权和利益。”自然权利本来就来自神法，因此，剥夺自然权利，也就是亵渎了神法，那么，“用垄断世上的荣誉和报酬的办法来贿赂那些表面上信仰和遵奉一种宗.教的人，实际上是败坏本来想予以鼓励的那种宗.教的原则。”他进一步指出：“人们的意见不是公民政府的职责范围，不受它的管辖;听任行政长官在意见领域内滥用权力，随便假定一些原则或清香不亮就不准信仰或传播，这是一种危险的错误，会立即把全部宗.教自由回调。”不过，杰佛逊还是给政府在非常时期干预宗.教事务留下了一点余地：“当一些原则突然变成公然破坏和平与秩序的行为时，公民政府为了其正当目的应要求其官员进行干涉。”
上述这些论证，与洛克在《论宗.教宽容》中的说法如出一辙，一方面是基于新教这种“良心宗.教”的理解，另一方面是基于自然权利与社会契约论的政治哲学观念。于是，杰佛逊代表州议会提出，“我们，弗吉尼亚州议会兹规定，不得强迫任何人举行任何宗.教礼拜仪式，或资助任何圣地或牧师，也不得由于其宗.教见解或信仰而对其人身或财产施加限制、强制或折磨，一切人均可自由表明并通过说理坚持其宗.教见解，决不可因此而缩小、扩大或影响其公民权。”
在这份法案的结尾，杰佛逊指出，虽然按照法律规定，他们这一届议会无权限制以后各届议会的行为，因此不可宣布这份法案是不可撤销的，但他还是强调，这里所宣布的，乃是人类的自然权利，以后谁要撤销这项法案，那就是对人类自然权利的侵犯。
杰佛逊所提出的这一法案在弗吉尼亚得到了广泛的支持。1786年初，弗吉尼亚议会通过了这一法案。到这个时候，不仅梅森那里含义模糊的“宽容”概念不见了，而且，麦迪逊遭到反对而不得不删除的内容，也被加进了法律规定之中。宗.教自由问题，首先在弗吉尼亚取得了丰硕的成果。
在1787年通过的美国宪法中，并没有关于宗.教自由的条款，也没有任何关于个人.权利的规定。在制宪会议中，很多代表就对此表示了异议。当时对此的一般反应是，对人.权的规定是没有必要的，因为国家本来就没有限制人民自由的权力。比如，宪法里没有赋予联邦政府限制言论的权力，为什么还要规定人民有言论自由的权利?宪法里没有规定联邦政府有宗.教迫害的权力，为什么还要规定人民有宗.教自由的权利?
作为美国宪法之父的麦迪逊并没有认为这些权利是不重要的，但是他还是没有把各州代表们提出的权利法案写进宪法正文，因为他担心，这样就会使反联邦党人借机抬头，破坏联邦党人已经取得的优势，从而破坏国家的稳定。因此，梅森等反联邦党人虽然极力呼吁加入权利法案，1787年宪法里还是没有相关的规定。
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