上古神界神君有九子，第九子出生时天象便是重名鸟，引来百鸟朝拜，在他出生宫殿的上方徘徊不去，仙音渺渺。
而此时恰逢农历三月上巳日正在举行百年一次的仙蟠会，众仙皆至，流觞曲水，神君心悦，故而起名流觞。流觞颇觉慧根，秉性纯良，生的灵巧，颇得神君后喜爱，未及千岁成人就被赐予仙灵岛准许他开府独居。
仙灵岛位于东海深处的一个岛屿，岛身终年被一阵雾气弥漫，看不清全貌，岛内树木林立，鸟语花香，唯流觞一人，时常觉得空旷，便弹琴奏曲，以解乏趣。
一日，受琴音所引一只重名鸟自远处而来，贺应着琴曲鸾鸣而歌上下飞舞。
曲终，余音邈邈，重名盘桓于流觞头上久久不肯离开，用喙拉扯他的衣袖，领他找到了千年的凤栖梧桐木，以其做琴身，又至极寒之地寻得千年的冰蝉丝为弦，制成一柄琴，唤名栖凤琴。
此琴弹奏时音如凤鸣，清脆婉转，流觞极其喜爱，常常伴在身边，一次因缘巧合，流觞斟酒时不小心将灵酒洒于琴上，琴吸收了灵气，百年后在流觞的帮助下化出了琴灵羸祀，羸祀因心生感激，认流觞为主。
两人在仙灵岛上相伴千年，闲来时羸祀执酒，流觞赋琴，余音渺渺，传于碧波之上，被火神祝融的大弟子云隐所闻。
云隐善音律，五界之内鲜有敌手，今闻仙音，不肯离去，拿出长萧以音合之，两人相见相谈甚欢，惺惺相惜，引为知己，后云隐时常来探视，或与其合奏，或饮酒赋诗。
此时人界被蚩尤一族统领，觊觎神界，大肆扑捉仙妖取灵铸剑，妄图领兵攻打神界，神君闻之大怒，派人下界捉了蚩尤，同时惩罚人界，收回人间的火种。
没有火种，人间陷入一片冰冷的黑暗，生灵涂炭，死伤者无数，云隐心生不忍，便私自偷了火神的火种携带下界，播洒人间，因此触怒神君，下令捉拿，数次未果，遂派流觞前去捉拿。
面对重伤的云隐，流觞心生不忍，叫羸祀放了云隐，私放犯人，触犯天条，被神君贬下凡间，琴灵羸祀被锁入困灵塔，失去琴灵的栖凤琴则被封印在终南山下，云隐被抓后，神君念及九子便免去诛仙之刑，将他亦投入轮回，世代守护流觞。
百年后一日，蚩尤趁着看守醉酒之际逃出了神界，与旧部会合重回人界，此时人界已重新由女娲一族统一，伏羲为人皇，领兵与蚩尤作战。
无奈蚩尤力量过于强大，伏羲遵从女娲神谕，得神人帮助，于终南山下解开封印取出栖凤琴，借由上古神力将蚩尤杀死。
为防他重宿仙身，再次为害人间，伏羲以身为引，用栖凤琴为载体利用秘法将蚩尤的神魂熔铸于古琴之中。
在古琴的表面刻上精致的符咒花纹，以金粉渡边，做封印蚩尤用，重新锻造古琴，因琴中有蚩尤神魂作为琴灵，为防他祸害人间，伏羲死前加诸封印，允诺此琴世代由女娲一族守护。
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