很快，居鲁士就委任哈尔帕格斯来担任指挥官一职，总览整个吕底亚地区的战事。
在哈尔帕格斯统领下的波斯大军很快就开始了浩浩荡荡的征服工作，他们的第一个进攻目标是佛凯亚（位于土耳其西海岸的最北端，是优良的海港城市）。佛凯亚人是所有希腊人当中最早进行远洋航行的，他们的船都不是普通的商船，而都是五十浆的大海船。佛凯亚人发现了亚得里亚海（地中海的一部分，具体为意大利半岛和巴尔干半岛之间的海域）和塔尔提索斯城（位于现在西班牙南部的古文明城市），并且和塔尔提索斯城的国王建立了非常深厚的友谊。这位国王甚至邀请波凯尔人到他的国内来定居，后来当他意识到佛凯亚人不愿意离开故土，并且受到新崛起的波斯人的威胁的时候，他就赞助了佛凯亚人很多金钱。佛凯亚人利用这笔赞助将他们的城墙修的是又高又大，全部都是用上好的大石砌成。
在佛凯亚人修完城墙之后，哈尔帕格斯也率领波斯大军兵临城下。在将佛凯亚城团团围住之后，哈尔帕格斯首先派出了使者。在一群佛凯亚人的怒视中，波斯使者平静的宣读了哈尔帕格斯的和平倡议：“佛凯亚人，你们只需要拆毁你们城墙上的一座城垛并向国王贡献出城中的一所住宅，那样我就会满意的离开了。”
在听取了哈尔帕格斯的条件之后，佛凯亚人立刻表示他们需要一天时间来进行仔细考虑后才能给出最后的答复，同是他们希望在这一天中波斯大军能够先后撤一段距离，以免发生一些不必要的误会。面对佛凯亚人的请求，波斯使者冷冰冰的脸上反而露出了一丝微笑，他说道：“哈尔帕格斯大人已经预测到你们会提出这样的要求，如你们所愿，我们的军队将会后撤一段距离。但是哈尔帕格斯大人同样希望你们了解，他知道你们想去做些什么，他只是希望你们在采取任何的行动之前，能够再次的进行慎重的考虑。”
第二日，佛凯亚人在见到波斯军队如约后撤之后，他们就立刻按照原先的计划将他们的妇女和孩子，神殿神像，以及一切值钱的东西都搬到他们的大型海船上，然后出海离开佛凯亚。最后除了一些不愿远离故土的佛凯亚人之外，波斯人得到的只是一座毫无财富的空城。
关于佛凯亚人之后的故事是这样的，在离开佛凯亚之后，他们原先希望在附近的海域购买一座小岛，重新开始生活，但是处于商业因素的考虑，没有人愿意将海岛卖给他们。毕竟市场有限，一支新力量的加入必将打破原先的市场平衡，消减自身的市场份额，没有人愿意干这样的傻事。无奈之下，佛凯亚人决定出发前去库尔诺斯（现在法国的科西嘉岛），20年前，佛凯亚人曾根据神谕在那里设立了一个殖民地。不过在彻底离开故土之前，佛凯亚人再次返回了波凯亚，他们突袭并歼灭了波斯驻军，同时他们还诅咒那些不愿意离开的人。最后，为了表示自己的决心，那些即将再次出发的佛凯亚人将一块烧红的铁块扔入海中，并发誓，除非这块铁块重新出现在海面，否则他们绝不返回佛凯亚。可是当他们出发后，仍然有约一半人不忍离开故土，违背了自己的誓言，重新返回了佛凯亚。
当佛凯亚人抵达库尔诺斯之后，他们同先前已经在这里的人会合并安顿下来。在此后的5年里，他们扩大了城市，重修了神殿。不过可能最后铁了心离开佛凯亚的都是些极端分子或者是好战分子，在这五年里，他们并没有从事太多的贸易，而是都改行当海盗了。这股新势力很快就引起了当地的老牌海盗第勒塞尼亚人和老牌贸易商腓尼基人的不满，估计这些佛凯亚人是太不守规矩了，最后这2个老冤家竟然能联合起来向佛凯亚人进攻。双方各派出了一支由60艘船组成的舰队，经过一番激战，佛凯亚人取胜。不过这胜利也是属于惨胜的那种，佛凯亚人的60艘船，被打沉了40艘，剩下的20艘也都受损严重，这下佛凯亚人是把老本亏的差不多了，无奈之下，佛凯亚人再次将所有人和所有能带走的东西都装上了船，然后向列吉昂（位于现在意大利最南端的城市）出发。最后他们并没有停留在意大利南部地区，他们一路向北，最后在意大利中部的北部海岸建立了一座叫做叙埃雷的城市。
以上就是佛凯亚人的故事，和他们一样宁愿远离故土也不愿屈服于波斯人的还有提奥斯人，当波斯大军围住他们的城市的时候，他们也是将一切装上船，然后直接奔向色雷斯（现在的保加利亚地区），并在那里建立了阿布戴拉城。
在此后的不长的时间里，位于小亚细亚大陆上的各个希腊城邦，除去佛凯亚人和提奥斯人选择远走他乡和米利都人在居鲁士征服吕地亚之前就已经单独和其签订了协议之外，其余各城邦虽然都进行了英勇的抵抗，但是寡不敌众，相继沦陷。在大陆各城邦沦陷之后，位于海岛上的各个城邦也相继投降。
在整个征服过程中，哈尔帕格斯同样显示出了相当的军事才能，面对各希腊城邦修筑的一个比一个雄伟的城墙，他利用斜坡法取得了一个又一个的胜利。具体的做法就是在包围敌人城市之后，集中所有的远程火力压制住一面城墙的敌人，与此同时利用兵力上的优势迅速构筑一道和城墙等高的土坡，等土坡完成的时候，大军就可以直接顺着坡道杀入城内。因此看来，当初居鲁士的外公，美地亚的国王让哈尔帕格斯率军迎战居鲁士，倒也不是完全没有原因。
在各希腊城邦相继沦陷之后，各城邦的代表聚集在一起讨论以后该怎么办。在会上，有一个人曾提出了一个相当有建设性的意见，此人建议，所有城邦的人都团结起来，然后一起去萨地尼亚（现在意大利的撒丁岛）去建设一个新城邦。因为现在萨地尼亚已经在希腊人的控制之下，如果大家都去哪里，那么小亚细亚的而希腊人就很容易取得控制权，再加上以前进行贸易的关系和老本，大家一定能够把新城邦搞成所有希腊城邦里最繁荣的城邦。虽然路是有点远，但是好歹还是算有一丝重获自由的希望，大家如果继续留在这里，那就连最后的希望都没有了。其实在波斯人到来之前，就有人提出过类似的建议，就是小亚细亚所有的希腊城邦组成一个联合政府进行统一管理，各个城邦都成为这个政府的郡县。可惜的是，没有人愿意交出自己手中已经所剩无几的权利，这两个建议都没有被人所采纳。
在征服小亚细亚的各希腊城邦之后，希腊人就开始被迫加入到波斯军队之中。此时波斯大军新的目标是3个位于小亚细亚西南部的城邦，这3个城邦分别属于卡里亚人，卡乌诺斯人和吕奇亚人。
卡里亚人，传说他们是从海岛上移民到大陆上来的，虽然他们自己坚持说他们一直就是生活在大陆上的。传说他们曾经是伟大的克里特国王米诺斯的臣民，当时他们的义务就是向国王提供船只。那时卡里亚人是一个非常出名的民族，因为他们发明了3样东西，第一是如何将羽冠套在头盔之上，第二是如何将纹章镶嵌在盾牌之上，第三是为盾牌加上提手。后来他们被希腊人赶出海岛之后，才在大陆上定居下来。
关于卡乌诺斯人，据说他们是土生土长的大陆人，不过他们自己也宣称自己是从克里特来的，他们的语言通卡里亚人非常相近，但是他们的风俗习惯却有着很大的不同。对于卡乌诺斯人来说，只要是同好友或是年纪相当的人聚集在一起宴会，那就是人生最美好的事情了。此外，他们原先也信奉外来的神，后来不知道出于何种缘故，他们又改变只信奉自己的神了。
关于吕奇亚人，他们到是毫无置疑的是从克里特来的。当年克里特国王米诺斯和他的兄弟争夺王位，最后米诺斯获胜，他的兄弟就率领着手下逃到了大陆。吕奇亚人的风俗一半类似于卡里亚人，一半类似于克里特人。他们唯一的最特别之处，就是他们的名字都是取自母亲的姓氏，而非父亲。如果询问任何一个吕奇亚人他是谁的话，他会说他是自己母亲某某人的儿子。另外在吕奇亚还有这样的规定，如果一个拥有公民权的妇女和一个奴隶结婚的话，那么他们的孩子则可以拥有公民权，但是如果一个拥有公民权的男子和一个奴隶或者外邦人结婚的话，那么他们的孩子则不可以拥有公民权。
在波斯大军逼近之后，卡里亚人并没有做出任何像样的抵抗。其他居住在卡里亚地区的那些希腊移民也没有什么可歌可泣的事迹。只有在卡里亚地区离海岸线稍远的地方，有一个被称为佩达撒人的小民族，他们算是整个卡利亚地区唯一做出一些反抗的人了。他们在山上修筑了一些堡垒，并以此抵抗波斯大军，给波斯人添了不少麻烦。不过最后，毕竟实力悬殊太大，没过多久佩达撒人也在他们的要塞中宣告投降了。
随着卡里亚地区的迅速陷落，波斯大军很快开进了吕奇亚人所居住的平原。虽然双方兵力相差甚大，但是吕奇亚人仍然勇敢的站了出来和波斯人在平原上交锋。但是毕竟实力悬殊太大，吕奇亚人在支持不住退入城内后，他们将自己的妻儿，财产和努力都集中到卫城中，然后一把火将其烧光，之后所有人集合，冲出城外，同波斯人决一死战，最后一个不剩的都战死疆场。后来，吕奇亚全族只有大约80户人家残留下来，这些人都是因为当时凑巧不再国内才幸免遇难。在征服吕奇亚后，波斯人在卡乌诺斯人的地盘上也遭遇了同样激烈的反抗。因为卡乌诺斯人是在以吕奇亚人为榜样激励自己。
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